Tortu filtre, aktif karbon filtre, ve yumuşatma sistemi suyun içindeki mikrolara etkili değildir, bunu için su kullanılmadan önce mutlaka dezenfeksiyon işlemine tabi tutulmalıdır. Dezenfeksiyon işlemi için en ayagın olan iki yöntem vardır.
Ultraviyole ışın ile su içindeki tüm bakteri, virüs, alg, protoza, vs mikropları tamamen yok edilmesi yöntemi son derece sağlıklı ve uzun vadede çok ekonomiktir.
Klorlama uygun dozajda klor verilerek dezenfeksiyon işlemi yapılır.Klor miktarının ve temas süresinin ayarlanması önemlidir. Az olduğunda istenilen sonuç alınamaz. Suyun fazla klor içermesi durumunda organik madde ile klor iyonu birleşerek insan sağlığı açısından son derece zararlı olan "kloramin" leri oluşturur.